临床实践的阻碍:血浆处理和 ccfDNA 提取步骤不一致

2016-03-02 07:20 来源:丁香园 作者:周婷
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一些研究表明,正常人低水平血浆循环细胞外 DNA(ccfDNA)主要是由于活化淋巴细胞的裂解(或者其他有核细胞)、活性分泌物或者线粒体 ccfDNA 释放而组成的。此外,在灵敏度和 DNA 分析精度的最新进展已允许 ccfDNA 基因分型可作为肿瘤中体细胞基因组学改变。  检测和量化肿瘤突变的能力已被证明是有效的实时监测肿瘤动态用于各种临床和研究应用液体活检。

由于 ccfDNA 浓度低(健康人 1.8–44ng/mL),定量血浆里的 ccfDNA 对于我们来说等同于是一个巨大的挑战,实时 PCR 成为了一种有效的方法。但是据报道几种应用规章中使用了不同的靶基因,在这不同的分析和缺乏一种参看材料的情况下,这大大限制了不同实验的 ccfDNA 可比性。

另外,ccfDNA 的数量并不认为是一种有效的癌症生物标记,同时,应该通过不同的长度(< 100 –600 pb)模板测量工具来评估 ccfDNA 裂解物。一些研究表明,ccfDNA 的模型有与凋亡细胞的模型相似,肿瘤衍生的 ccfDNA 裂解物大小仍然是一个热议的话题。

血浆循环细胞外 DNA(ccfDNA)已被证实为癌症和产前临床实践的有用的生物标志物,认为血浆总 ccfDNA 浓度和它的裂解物可作为病理生物标记物。

但是在使用 ccfDNA 的主要关键点之一是缺乏对样品处理方法、储存条件、程序提取以及能够影响 ccfDNA 质量和数量的量化进行规范化。ccfDNA 的数量和完整性受分析前的处理过程影响,比如血样本收集和储存、血浆分离及储存、ccDNA 提取和储存,以及至今不能鉴定其他参数等。因此,分析前处理期间规范化是非常重要的。

IDIA (Standardisation and improvement of generic preanalytical tools and procedures for in  vitro diagnostics) 是由欧盟 FP7 项目建立的一个为期四年的项目,其主要目的是解决在体外诊断学中分析前处理步骤的规范化和改进问题。

IDIA-DNAplas 是 SPIDIA 众多项目之一,提倡评估 ccfDNA 分析前的影响。Francesca Malentacchi  教授在 DE GRUYTER 杂志中发表了一篇有关针对分析前阶段的 ccfDNA 质量控制方案。

Francesca Malentacchi  教授将 56 家实验室纳入实验。在规定的血浆储存条件下,这些实验室收到一样的血浆标本,并且通过他们自己的处理方法来提取 ccfDNA,同时将这些分离出来的 ccfDNA 送到 SPIDIA 机构来进行分析。使用几个特别的参数如 ccfDNA 的完整性(多通道 PCR 仪器)和量(qPCR 仪器) 对这些实验室的绩效进行评估。

Francesca Malentacchi  教授发现这些实验室的大部分为了分离血浆利用 K2EDTA 收集血液。这些实验室中的 34% 收集血液后在 1 小时内分离血浆,有 65% 在 24 小时内分离血浆。血浆储存温度从-80℃ 到 4℃ 之间变化,有 37.5% 的实验室将 ccfDNA 储存到-20℃。

不足 50% 的参加者们经常使用光谱测量仪器测量提取的 ccfDNA。大部份实验室(62.2%) 使用商业试剂盒,仅仅只有 36.1% 使用专用试剂盒。大部分实验室都可以复原 ccfDNA,但是只有 12.5% 可以复原无裂解物的 ccfDNA。

在众多的协议中,血浆样本处理和 ccfDNA 提取步骤缺乏一致性,这是将 ccfDNA 研究转换到临床实践的主要阻碍。尽管这个观点在有关 ccfDNA 研究发表的文章中是普遍的,至今仍然没有操作标准。

Francesca Malentacchi  教授认为该实验就说明了不同的储存条件和提取步骤和 ccfDNA 的数量和完整性密切相关,同时指出规范化分析前处理步骤必要性。为了一项技术规格的发展,欧洲标准化委员会建议这个基于 SPIDIA-DNAplas EQA 的实验证据作为一个基础。

相信这个 SPIDIA-DNAplas EQA 的实验证据能够推动 ccfDNA 分析前处理步骤规范化的脚步,不久的将来实现 ccfDNA 研究向临床实践的完美转换。

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编辑: 张开平

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