正方观点：纤毛菌是革兰氏阴性厌氧菌
1. 证据：资料来自于权威书籍《伯杰细菌鉴定手册》第八版：纤毛菌属：直或稍弯的杆菌 1～1.5*5～15 微米，具有一或两个圆端或尖端，在每个培养物中，通常可见具尖端的许多细胞。
2. 不形成棒状或分枝。细胞不运动。不知（原电子书为「知」）有休眠阶段，细胞在 60℃、10 分钟不能存活。革兰氏阴性。可能是革兰氏阳性的颗粒均匀分布在沿着长轴的部位，但有一个或更多的大颗粒位于近细胞的一端。
3. 发现于人的口腔中。
4. 模式珠：口腔纤毛菌
5. 现在同意本菌有以下的特征：在 24 小时或者更短时间（通常 6 小时），细胞是革兰氏阴性；细微结构是典型的革兰氏阴性菌，它们含有革兰氏阴性菌特有的脂多糖，也有内毒素的特征引起升温和 Schwartzman 反应，有血清专化性的 O-抗原。
6. 位置未定种
（1）未命名纤毛菌
（2）未命名纤毛菌赭色变种
（3）纤细纤毛菌
（4）阴道纤毛菌
（5）溶血纤毛菌
以上的菌不能根据已发表的描述所鉴别。有的可能是梭杆菌属的成员。其中三株的现有资料表明它们的发酵显然是异型发酵，因此与这里提出的属和模式种的描述不一致。
反方观点：纤毛菌是真菌
1. 证据 1：《临床检验基础》第四版: 阴道真菌：85% 为白色念珠菌，偶见阴道纤毛菌及放线菌等。
2. 证据 2：《诊断学》第八版：阴道分泌物中常见病原体及临床意义：真菌包括白假丝酵母菌、纤毛菌，临床意义为真菌性阴道炎。
3. 证据 3：《医学检验与临床》2006 年第 17 卷第 1 期，黄金定《纤毛菌性阴道炎浅析》：由于方法学本身的限制，极易发生误诊和漏诊，纤毛菌性阴道炎就是其中的一种。纤毛菌属于真菌类，可致妇女阴道炎，临床症状通常是：外阴时有瘙痒，白带增多。实验室检查：白带较清，涂片染色后高倍镜可找到纤毛菌体，细长如头发丝，可弯曲；有些压在上皮细胞面上，大多数游离，核面灰蓝色或蓝色。
不知道各位看到这里有什么想法，当我看到我们的检验专业书和临床专业书上面讲纤毛菌定义为真菌时，我也很诧异。每当我说出纤毛菌是真菌时，同行都质疑。当然质疑是没有错的，正反两方谁也无法说服谁。
书本用来教育人的，结果里面的东西都是似是而非，难以确定的。这叫我该如何是好，我应该去相信谁?
《临床检验诊断学图谱》下册：纤毛菌临床意义：约 10%～30% 细菌性阴道病或滴虫性阴道炎分泌物中可查到，可与阴道加特纳菌或阴道毛滴虫共同构成阴道炎的病原体。由于纤毛菌属条件致病菌，故很少单独引起感染。如果真如《临床检验诊断学图谱》下册中所述，纤毛菌属于条件致病菌，那么按照前文反方观念，那么会造成多少纤毛菌性阴道炎的误诊误治。
那么，这一切是谁的错？
结语：作为育人之用的专业性教材，应该具有足够的权威性。而不是如此这般如纸糊的窗户纸，一捅就破。作为一个检验界小学生一般的我，我都发现了专业书中不少的错误，这只能算是冰山一角。就此搁笔。希望检验同行们在看书过程中对于疑问要多查资料，以免被误导。也希望编书的专家们能多多用心，这样我们这些小辈才能进步！