耐药性的存在威胁着结核病情控制。世界卫生组织估计，目前明确诊断多重耐药菌不到实际的 45%。需要更好的诊断手段来明确抗结核药物对结核杆菌的敏感性。既往研究仅仅检测了小部分抗结核药物，且准确度不高。
目前，可通过分子诊断手段来检出临床标本中的结核分枝杆菌极其耐药性基因突变，其进展有望彻底改善患者病情，并通过早期诊断切断结核的传播。然而这些辅助手段需要识别整个抗结核药的耐药基因决定簇。
为了确定最佳的分子诊断方法、创建一个关于耐药基因突变的综合全面性目录、评估这些突变在诊断耐药性方面的敏感性和特异性，来自美国波士顿麻省总医院呼吸与危重症医学科的 Farhat 医生及其同事进行了一项研究发现：分子诊断方法对异烟肼和利福平耐药的预测，敏感性和特异性均超过 90%。文章近期发表在 AJRCCM 上。
该研究通过分子逆向探针来捕获 DNA，以测定结核分枝杆菌中 28 个耐药基因位点。研究使用探针来定位来自不同地区 1397 个已知耐药表型肺结核患者的目标序列、明确其耐药基因突变、预测其对一线和二线抗结核药物的耐药性、通过建立随机森林预测模型来论证这一预测。
研究结果显示，分子逆向探针技术诊断对异烟肼和利福平耐药的预测，敏感性和特异性均超过 90%，但对其他抗结核药物的预测稍逊色。诊断耐药性所需的基因突变数很多，本研究中的 13 种抗结核药，在 18 个基因位点共测得 238 个突变。
这些数据表明，一个综合全面的结核分枝杆菌耐药诊断将涉及到多维的基因突变检测，这将推动全基因组测序成为更有吸引力的诊断方法。同时也支持了一个假设：目前未知的基因决定簇，可能会被全基因组测序发现，它们编码了对二线抗结核药的耐药性。