军团病是一种与在水中的繁殖的军团菌有关的非典型的呼吸道疾病。因军团病而住院的人，许多是因为感染了嗜肺军团菌血清群 1 型（Lp1）而就诊的。
除了 Lp1，与人类疾病普遍相关的菌株有麦克达德军团菌、博氏军团菌、长滩军团菌等。军团病的危险因数包括免疫抑制、酒精中毒、糖尿病、恶性肿瘤、慢性阻塞性肺疾病等。军团菌病患者往往需要在 ICU 住院治疗，这时候抗菌药物治疗往往已经没有效果了。
由于军团病患者痰量少并且培养军团菌需要特殊的技术，因此尿抗原检测（UAG）往往 用来诊断军团病。在出现症状后 2-3 天到治愈后 2 个月这段时间中，尿液中是可以检测到 LP1 抗原的。
但是，也有报道表明由于过分依赖 UAG 检测方法，非 Lp1 型的军团病将会漏诊。为了确保不会漏诊其他类型的军团病，将核酸扩增试验 (NAAT) 应用于军团菌属的检测中。有报道表明 PCR 测序是目前唯一可以确保不会漏诊非嗜肺军团菌的军团病的检测方法。
Chen 教授在 Clinical Microbiology 杂志中发表了一篇有关 PCR、培养及抗原检测方法在军团病临床诊断中实用价值的文章，用回顾性研究进一步评估以上三种诊断方法各自的优点。
在 Cleveland 诊所收集从 2010 年 5 月到 2013 年 12 月这期间的尿抗原、细菌培养及 PCR 检测的相关患者的电子病历数据。该研究的纳入原则是采用了两种或者更多种方法检测并且至少一种检测方法是阳性的，那将认为该病历数据是相关临床和流行病学因子。
通过排除重复测试的患者，整理了 19912 个检测结果（12569 个患者采用了尿抗原检测方法、3747 个患者采用了细菌培养、3596 个患者采用了 PCR 方法），并且有 378 个阳性结果。
细菌培养、PCR 和尿抗原检测的阳性率分别为 0.4%、0.8%、2.7%。在 37 个患者中，三种检测方法阳性的为 10 例 (27%)，两种检测方法阳性的为 16 例 (43%)，只有一种检测方法阳性的为 11 例 (30%)。
其中，通过检测结果和临床症状提示有 32 个患者感染军团菌，其与已确诊为或者拟诊为军团菌感染的患者人数相一致。在这些病例中，细菌培养、PCR 和尿抗原检测的敏感度分别为 50%、92% 和 96%，特异度分别为 100%、99.9%、99.9%。
Chen 教授表示评估一个低患病率疾病的诊断方法的实用性是困难的。由于尿抗原检测方法的检测灵敏度最高，成本最低，所以是检测军团病最常规的检测手段，同时，尿抗原检测法可以通过覆盖更多的军团菌血清型和菌种来进一步提高它的检测性能。
尽管推荐细菌培养作为检测 LP1 特异性抗原检测法和嗜肺军团菌 PCR 法漏诊的菌株，由于其技术要求高并且敏感度低，大大限制了细菌培养的实用价值。PCR 法比细菌培养更敏感，但是成本却是细菌培养的 5 倍。
由此看来，由于细菌培养技术要求高并且敏感度低，尿抗原检测的单一性降低了它们的实用价值，大大限制了其在临床和流行病学上的应用。PCR 法可以检测军团菌所有菌株，但是由于其成本较高，也限制其应用。
相信不就的将来，随着经济和科技的发展，全基因组测序将取代细菌培养，在军团菌检测历史中，占有重要的地位。